اعمال حج تمتع را تمام کرد و از احرام خارج شد. لباس احرامش را شست و خشک کرد و بعد، از همة همسفرانش خواست تا بر روی لباس احرامش بر اسلام و ایمان «محمدجعفر نصر اصفهانی» شهادت دهند. آن روز همه لباس احرامش را امضا کردند.
سال 1375 یکی از همرزمانش در بیمارستان به ملاقاتش رفت تا بی‌پرده خبر تأثیرات بمب‌های شیمیایی را بر روی این فرماندة تیپ یک لشکر پیاده ثامن‌الائمه به او برساند، منتظر ماند تا اتاق خالی شود. آهسته به او نزدیک شد، سرش را به سینه‌اش گذاشت و زار زار گریه کرد و حقیقت را به او گفت: «حاجی، دکترها جوابت کرده‌اند!» و او سر همرزمش را نوازش کرد و با کمال آرامش گفت: «من باید در بیت‌المقدس5 شهید می‌شدم، خدا لطف کرد تا به حج مشرف شوم، به سوریه بروم و از همه مهم‌تر اینکه افتخار پیدا کردم که سرباز ثامن‌الائمه(ع) بشوم.»
مجروح شدن‌هایش را از ماه‌های آغازین در سال 59 به آخرین ماه‌های جنگ پیوند زند؛‌ او در تیرماه 1367 در منطقه مریوان و پنجوین عراق، علاوه بر مجروحیت شدید با سلاح‌های سنگین، شیمیایی هم شد.
خطبة عقد را که خواندند، برای اولین بار می‌خواست همسرش را از تهران به اصفهان بیرد؛ به جای بردن او به جاهای دیدنی، یکراست رفتند به گلزار شهدا، سر مزار دوستان شهیدش، و وقتی با اعتراض خواهرش روبه‌رو شد که «این کار تو بر روحیه‌اش اثر منفی دارد» گفت:
«اشتباه تو همین جاست، من از بردنش به گلزار شهدا هدفی داشتم. او یک رزمنده است و باید بداند، راهی که من انتخاب کرده‌ام به کجا می‌رسد، راه من راه شهادت است. گلزار شهدا را به او نشان دادم که به او بگویم خود را برای چنین لحظه‌ای آماده کند، اگر مرا انتخاب کرده است، باید در این راه مرا یاری کند.»
به همسرش گفت: «من به درد پشت میز نمی‌خورم. جای من توی منطقه است» ساکش را برداشت و به سنگر برگشت. هر جا خطر بود، او هم بود. او کسی بود که در آغاز خدمت خود از فرمانده خود پرسیده بود: «سخت‌ترین محل خدمت شما کجاست؟ مرا به آن یگان بفرستند!» نصر، گروهان خود را در منطقه‌ای مستقر کرد که در ناامنی کامل میان نیروهای عراقی و عناصر ضد انقلاب بود و تدارکات و مهمات و آذوقه را باید با طناب بالا می‌کشیدند.
در حال گذراندن دوران خدمت سربازی بود، که دوست داشت عضو ارتش یا سپاه شود. سر دو راهی که کدام لباس مقدس را بپوشد، لباس سپاه یا ارتش را، شبی در خواب دید که به محضر وجود مقدس امام زمان(عج) شرفیاب شده است و از آن حضرت کسب تکلیف می‌کند که حضرت به او فرمودند «ارتش به شما نیاز بیشتری دارد، به ارتش بروید». محمدجعفر نصر در طول خدمتش همواره خود را سرباز امام زمان(عج) می‌دانست، روزی در گوشه‌ای تنها مشغول تلاوت قرآن بود که متوجه شد سربازی چند گالن نفت را به سوی محل استقرار نیروهای او می‌برد؛ به طرفش رفت و کمکش کرد. در بین راه سرباز که نمی‌دانست که نصر فرمانده است، از او پرسید: «تو هم سرباز اینجایی؟»   پاسخ داد: «ما همه سرباز امام زمان(عج) هستیم.»
سر سال، خمس مالش را حساب می‌کرد. هر گاه حرفی نمی‌زد و یا کار خاصی نداشت، لبش به ذکر گفتن و صلوات مشغول می‌شد. با روزه گرفتن ماه‌های رجب و شعبان که بیشتر بدون سحری می‌گرفت، به استقبال ماه رمضان می‌رفت. آن‌قدر با روزه گرفتن مأنوس بود که پس از عمل جراحی معده، به‌خاطر جراحات شیمیایی در سال آخر عمرش، به شدت نگران روزة ماه رمضان بود و در بستر بیماری دعا کرد: «خدایا عمرم را تمام کن اگر باشم و نتوانم روزه بگیرم.»
به حضرت زهرا(س) ارادتی خاص داشت. جلوتر از سادات راه نمی‌رفت، به سادات می‌گفت: «اگر من جلوتر از شما حرکت کنم، فردای قیامت در برابر بی‌بی فاطمه زهرا(س) جوابی ندارم.» همیشه آرزو داشت که خداوند فرزند دختر به او بدهد تا نامش را «زهرا» بگذارد. خداوند هم در روز تولد حضرت زهرا(س) دختری به او عطا کرد و نصر همیشه مباهات می‌کرد که در تمامی فامیل، زهرای کوچک او، تنها دختری است که در روز میلاد حضرت زهرا(س) به دنیا آمده است.
در روزهای آخر جنگ،‌ وقتی ترکش پهلو و پایش را شکافت، روی تخت بیمارستان گریه می‌کرد. می‌گفت: «یا فاطمه الزهرا» «یا حسین شهید» «آیا من لیاقت شهادت و دیدار شما بزرگواران را ندارم.»
قطعنامه که پذیرفته شد، همیشه در اینکه در فضای آلودة شهر تنفس می‌کند، به خود می‌پیچید و حسرت می‌خورد و می‌گفت: «در شهر نمی‌گذارند آدم خواب ائمه و حضرت زهرا(س) را ببیند.»
او که در شهریور سال 1399 در اصفهان دیده به جهان گشوده بود، در نوزدهم آبان‌ماه 1375 واژة زیبای «شهادت» را همنشین نام زیبای خود کرد و با بر تن کردن لباس احرامی که در ایام حج به امضای مؤمنان رسانده بود، به دیدار امام و یاران شهیدش رفت. وصیتنامه‌اش را که باز کردند اولین جمله‌ای که به چشم می‌خورد، توحید و عبودیت و فنای در محبت اهل‌بیت عصمت و طهارت(ع) بود:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
وصیت‌نامه بنده روسیاه خدا محمد جعفر نصر
ذرات وجودم به وحدانیت و رسالت محمد(ص) و ولایت حضرت علی(ع) و یازده فرزند معصوم پسر ابوطالب شهادت می‌دهد...